양도차익의 계산 — 필요경비와 장기보유특별공제

조문은 소득세법 2026년 7월 1일 시행본(법률 제21221호) 기준이며 확인일은 2026년 9월 20일입니다. 학습용 설명이며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다.

계산의 뼈대

4장에서 네 관문(양도인가·과세대상인가·비과세인가·언제인가)을 지났다. 이제 금액이다.

세 번 빼고 한 번 곱한다. 각 단계에 별도의 조문이 있다.

양도가액 (제96조)

원칙은 실지거래가액이다.

자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다(제1항).

2016년 개정으로 기준시가에 의한 과세가 원칙에서 사라졌다. 실거래가 신고가 정착됐기 때문이다.

실지거래가액으로 보는 경우 (제3항)

두 가지가 있다. 둘 다 특수관계나 고가 양도로 다른 세목이 이미 개입한 경우다.

1. 특수관계법인에 양도한 경우로서 법인세법 제67조에 따라 그 거주자의 상여·배당 등으로 처분된 금액이 있으면 → 법인세법 제52조에 따른 시가를 양도가액으로 본다
2. 특수관계법인 외의 자에게 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서, 상증세법 제35조에 따라 증여재산가액으로 하는 금액이나 법인세법 제67조에 따라 배당 등으로 처분된 금액이 있으면 → 그 양도가액에서 해당 금액을 뺀 금액

필요경비 (제97조)

양도가액에서 빼는 것은 세 가지다(제1항).

순차 적용이라는 점 (제1호 나목)

매매사례가액 → 감정가액 → 환산취득가액은 선택지가 아니라 순서다. 앞의 것이 있으면 뒤로 갈 수 없다.

그리고 나목으로 가는 조건이 엄격하다. 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정한다. 오래전에 산 부동산이라 계약서가 없는 경우가 대표적이다.

환산취득가액의 함정 (제2항 제2호)

취득가액을 환산취득가액으로 하면, 자본적지출과 양도비를 실제 금액으로 더할 수 없다. 대신 자산별로 대통령령이 정하는 금액(개산공제)을 더한다.

단서가 선택권을 준다.

리모델링에 크게 돈을 쓴 경우, 환산 쪽보다 실제 지출 쪽이 클 수 있다. 그때는 실제 금액을 고를 수 있다.

감가상각비는 뺀다 (제3항)

보유기간에 그 자산의 감가상각비로서 사업소득금액 계산 시 필요경비에 산입했거나 산입할 금액이 있으면, 그만큼을 뺀 금액을 취득가액으로 한다.

임대사업으로 감가상각을 받아 소득세를 줄였다면 취득가액이 그만큼 줄어든다. 두 번 공제받지 못하게 하는 조항이다.

실지거래가액과 기준시가는 짝을 맞춘다 (제100조)

양도가액을 실지거래가액에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다(제1항).

양도는 실거래가로, 취득은 기준시가로 잡아 차익을 부풀리거나 줄이는 것을 막는다.

토지와 건물의 안분 (제2항·제3항)

토지와 건물 등을 함께 취득·양도했으면 각각 구분하여 기장하되, 구분이 불분명하면 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 안분계산한다. 공통되는 취득가액과 양도비용은 자산 가액에 비례하여 안분한다.

장기보유특별공제 (제95조)

양도차익에서 빼는 두 번째 항목이다. 오래 보유한 자산의 차익에는 물가상승분과 누진세율의 왜곡이 섞여 있으므로 덜어낸다.

대상과 요건 (제2항)

• 토지 또는 건물(제94조 제1항 제1호)로서 보유기간이 3년 이상인 것
• 조합원입주권(제94조 제1항 제2호 가목 중, 조합원으로부터 취득한 것은 제외) — 이 경우 관리처분계획 인가 또는 사업시행계획인가 전의 토지분·건물분 양도차익으로 한정

제외되는 것도 명시돼 있다. 미등기양도자산(제104조 제3항)과 제104조 제7항 각 호의 자산이다.

표 1 — 일반 (보유기간)

3년 6%에서 시작해 1년마다 2%씩 오르고 15년에 30%로 멈춘다.

표 2 — 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

1세대 1주택은 보유기간과 거주기간을 각각 계산해 합산한다.

거주기간 항목의 첫 줄을 놓치기 쉽다. 거주 2년 이상 3년 미만은 8%인데, 보유기간이 3년 이상일 때만 적용된다.

표 2가 이렇게 후한 이유는 분명하다. 실제로 살던 집과 투자 목적으로 보유한 부동산을 다르게 대우한다. 6장에서 볼 1세대 1주택 비과세와 같은 정책 방향이다.

보유기간의 기산 (제4항)

원칙은 취득일부터 양도일까지다. 두 예외가 있다.

1. 제97조의2 제1항(이월과세)의 경우 → 증여한 배우자 또는 직계존비속이 취득한 날부터 기산
2. 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산 → 피상속인이 취득한 날부터 기산

용도변경 주택의 특례 (제5항·제6항, 2023년 신설)

주택이 아닌 건물을 사실상 주거용으로 사용하거나 공부상 용도를 주택으로 변경한 경우로서 1세대 1주택에 해당하면, 보유기간별 공제율은 계산식에 따르되 40%를 넘지 못한다.

그리고 주택으로 보유한 기간은 사실상 주거용으로 사용한 날부터 기산한다. 분명하지 않으면 공부상 용도를 주택으로 변경한 날부터다(제6항).

상가를 주택으로 바꿔 표 2의 혜택을 통째로 받는 것을 막는다.

고가주택의 안분 (제3항)

제89조 제1항 제3호에 따라 비과세에서 제외되는 고가주택(12억 초과)과 제4호 단서의 조합원입주권은, 양도차익과 장기보유특별공제액을 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한다. 12억을 넘는 부분에만 과세하는 구조다.

이월과세 (제97조의2)

배우자나 직계존비속에게 증여한 뒤 파는 방식으로 양도차익을 줄이는 것을 막는 조항이다.

구조는 이렇다. 증여받은 자산을 일정 기간 안에 양도하면, 취득가액을 증여 당시의 가액이 아니라 증여자가 취득한 당시의 가액으로 본다. 그러면 증여로 높아졌던 취득가액이 사라져 양도차익이 커진다.

앞에서 본 제95조 제4항이 여기에 맞물린다. 보유기간도 증여자가 취득한 날부터 기산한다.

적용 대상·기간·예외는 제97조의2 조문과 시행령을 직접 확인해야 한다.

양도소득 기본공제 (제103조)

소득별로 각각 250만원이다. 부동산과 주식을 같은 해에 팔았다면 각 250만원씩 공제된다.

공제 순서도 정해져 있다(제2항). 감면소득금액 외의 양도소득금액에서 먼저 공제하고, 그중에서는 해당 과세기간에 먼저 양도한 자산의 양도소득금액에서부터 순서대로 공제한다.

신고 — 예정신고와 확정신고

3호의 3개월은 2장에서 본 증여세 신고기한(제68조, 증여받은 날이 속하는 달의 말일부터 3개월)과 맞춘 것이다. 한 거래에서 두 신고가 따로 나가는데 기한이 어긋나면 곤란하기 때문이다.

확정신고(제110조)는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지다. 과세표준이 없거나 결손금액이 있어도 해야 한다(제2항).

다만 예정신고를 한 자는 확정신고를 하지 않을 수 있다(제4항). 예외가 있다. 같은 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 한 경우 등 대통령령이 정하는 경우에는 확정신고를 해야 한다. 각각 예정신고하면 누진세율이 제대로 적용되지 않기 때문이다.

남는 것

• 자본적지출액과 양도비의 구체적 범위(시행령 제163조)는 실무에서 가장 다툼이 많다. 취득세·중개보수·법무사 비용 등이 여기서 갈린다.
• 환산취득가액의 계산식과 개산공제율도 시행령에 있다.
• 제97조의2 이월과세의 적용 기간과 예외 사유는 개정이 잦다.
• 세율(제104조)은 다음 장에서 1세대 1주택·다주택 중과와 함께 본다.

다음 장은 1세대 1주택 비과세와 다주택 중과다. 이 장의 표 2가 왜 그렇게 후한지, 그리고 반대편에 어떤 중과가 있는지 본다.

참고 자료

• 국가법령정보센터, 소득세법 제95조·제96조·제97조·제97조의2·제100조·제103조·제105조·제110조 (시행 2026. 7. 1., 법률 제21221호, 확인일 2026-09-20)
• 국가법령정보센터, 상속세 및 증여세법 제35조·제68조 (시행 2026. 1. 2., 법률 제21065호, 확인일 2026-09-20)