1세대 1주택 비과세와 세율 — 보호와 중과의 두 방향

조문은 소득세법 2026년 7월 1일 시행본(법률 제21221호) 기준이며 확인일은 2026년 9월 20일입니다. 중과 규정은 조정대상지역 지정 여부와 시행령 개정에 따라 실제 적용이 자주 달라지므로, 개별 사안은 반드시 현행 시행령과 지역 지정 현황을 확인해야 합니다. 학습용 설명이며 세무 자문이 아닙니다.

하나의 자산, 두 방향의 정책

양도소득세는 같은 부동산을 놓고 정반대 방향으로 움직인다.

실거주 1주택은 세금을 물리지 않는다. 집을 팔아 다른 집으로 옮기는 것은 소득의 실현이 아니라 생활의 이동에 가깝기 때문이다.

단기 매매와 다주택은 무겁게 물린다. 차익을 노린 거래이기 때문이다.

이 장은 그 두 축을 조문으로 본다. 4장의 제89조(비과세)와 제104조(세율)가 각각 한 축이다.

1세대 1주택 비과세 (제89조 제1항 제3호)

다음 주택(양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외)과 주택부수토지의 양도로 발생하는 소득에는 양도소득세를 과세하지 아니한다.

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속·동거봉양·혼인 등으로 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

세 요소를 하나씩

① 1세대 — 4장에서 본 제88조 제6호다. 거주자와 배우자가, 같은 주소·거소에서 생계를 같이 하는 직계존비속·형제자매와 함께 구성하는 가족단위다. 취학·질병 요양·근무상·사업상 형편으로 일시 퇴거한 사람을 포함한다.

② 1주택 — 제88조 제7호의 주택이다. 공부상 용도와 관계없이 사실상 주거용으로 쓰는 건물이다.

③ 대통령령으로 정하는 요건 — 보유기간(원칙 2년)과, 취득 당시 조정대상지역이었던 주택의 거주기간(2년) 등이 시행령 제154조에 있다. 이 부분이 개정이 가장 잦다.

주택부수토지의 한계

비과세되는 토지는 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱한 면적 이내다. 배율을 넘는 부분은 비과세되지 않는다. 넓은 대지 위의 단독주택에서 문제가 된다.

나목 — 2주택이어도 비과세되는 경우

일시적으로 2주택이 되는 상황은 투기가 아니다.

• 대체취득: 새 집을 사고 옛 집을 파는 사이의 중복 보유
• 상속: 부모가 돌아가셔서 집이 하나 늘어난 경우
• 동거봉양: 부모를 모시려고 합친 경우
• 혼인: 각자 집이 있던 두 사람이 결혼한 경우

각각의 허용 기간과 요건은 시행령(제155조 등)에 있고 자주 바뀐다.

입주권·분양권이 있으면 막힌다 (제89조 제2항)

1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항 제3호를 적용하지 아니한다.

조합원입주권 자체의 비과세 (제89조 제1항 제4호)

조합원입주권을 1개 보유한 1세대가 다음 요건 중 하나를 충족해 양도하면 비과세된다. 단, 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하면 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권은 없어야 한다)로서, 그 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 조합원입주권을 양도할 것

전제 조건도 있다. 관리처분계획 인가일·사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되면 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하던 세대여야 한다. 원래 살던 집이 입주권으로 바뀐 경우를 보호하는 것이지, 입주권을 사들인 경우가 아니다.

고가주택 — 12억 초과분만 과세

12억을 넘으면 전부 과세되는 것이 아니다. 넘는 부분만 과세된다.

5장에서 본 제95조 제3항이 이를 정한다. 비과세 대상에서 제외되는 고가주택의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한다.

그리고 이렇게 남은 과세 대상 차익에는 5장의 표 2(보유 최대 40% + 거주 최대 40% = 80%)가 적용된다. 20억에 판 1세대 1주택이라도 실제 세액이 크지 않은 이유가 여기 있다.

세율 (제104조 제1항)

기본 — 종합소득세율

1호의 제55조 제1항은 종합소득세 누진세율(6%~45%)이다. 부동산 양도소득이 다른 소득과 합산되지는 않지만 세율표는 같은 것을 쓴다.

단기 보유 중과 (제2호·제3호)

주택 쪽이 10~20%p 더 높다. 주거용 자산의 단기 매매를 더 강하게 억제한다.

보유기간은 취득일부터 양도일까지인데, 세 경우는 취득일을 달리 본다(제2항).

1. 상속받은 자산 → 피상속인이 취득한 날
2. 제97조의2 제1항(이월과세) 해당 자산 → 증여자가 취득한 날
3. 법인의 합병·분할(물적분할 제외)로 새로 취득한 주식등 → 피합병법인·분할법인 등의 주식등을 취득한 날

1호를 놓치면 안 된다. 상속받은 집을 바로 팔아도 단기 보유로 중과되지 않는다. 피상속인의 보유기간을 이어받기 때문이다.

미등기양도자산 70% (제3항)

취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 대통령령이 정하는 자산은 제외된다.

70%는 이 법에서 가장 무거운 세율이다. 게다가 5장에서 봤듯 장기보유특별공제와 기본공제도 배제된다(제95조 제2항, 제103조 제1항 제1호 단서). 세 겹의 불이익이다.

등기를 건너뛰면 거래가 공부에 남지 않아 과세 포착 자체가 불가능해지기 때문이다.

조정대상지역 다주택 중과 (제104조 제7항)

다음 주택을 양도하는 경우 제55조 제1항의 세율에 20%(제3호·제4호는 30%)를 더한 세율을 적용한다.

세 가지를 짚어야 한다.

첫째, 조정대상지역이 요건이다. 네 호 모두 “조정대상지역에 있는 주택”으로 시작한다. 주택법 제63조의2 제1항 제1호에 따른 지역이고, 지정과 해제는 수시로 바뀐다. 지정돼 있지 않으면 이 조항 자체가 작동하지 않는다.

둘째, 입주권·분양권이 주택 수에 들어간다. 2호와 4호가 명시한다. 제89조 제2항의 비과세 배제와 같은 계산 방식이다.

셋째, 장기임대주택 등은 제외된다(2호·4호 단서). 등록 임대사업자에 대한 정책적 배려다.

단기 보유와 겹치면 (제7항 후단)

해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는, 중과세율을 적용해 계산한 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율(40%·50% 또는 60%·70%)을 적용해 계산한 산출세액 중 큰 세액으로 한다.

지정지역 부동산 (제4항)

별도의 가산이 하나 더 있다. 제104조의2 제2항의 지정지역에 있는 부동산 등을 양도하면 제55조 제1항의 세율에 10%를 더한다. 보유기간이 2년 미만이면 역시 단기세율과 비교해 큰 세액으로 한다.

지정지역은 부동산 가격 상승률이 소비자물가 상승률보다 높고 급등했거나 급등 우려가 있는 지역으로, 재정경제부장관이 지정한다(제104조의2 제1항).

하나의 자산이 여러 세율에 걸리면 (제104조 제1항 후단)

하나의 자산이 각 호의 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

세율을 더하지 않고 비교해서 큰 쪽을 고른다. 조정대상지역의 3주택을 1년 만에 팔았다면, [누진세율 + 30%p]와 [70%]를 각각 계산해 큰 쪽을 낸다.

비사업용 토지 (제104조 제1항 제8호·제104조의3)

주택만 중과 대상이 아니다. 비사업용 토지도 가산세율이 적용된다.

제104조의3은 그 범위를 정하는데, 핵심은 용도에 맞게 쓰이지 않은 토지다.

• 농지로서 소유자가 농지 소재지에 거주하지 않거나 자기가 경작하지 않는 농지
• 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 등 도시지역에 있는 농지 (일부 지역 제외)
• 그 밖에 임야, 목장용지, 나대지 등 조문이 정하는 것

판정 기준은 소유 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 그에 해당했는지다. 잠깐 용도에 맞게 썼다고 벗어나지 못한다.

두 방향을 한 장에 놓으면

기준선은 실거주인가다. 살던 집 한 채는 거의 과세하지 않고, 거주와 무관한 보유·단기 회전은 무겁게 본다. 5장에서 본 장기보유특별공제 표 1(최대 30%)과 표 2(최대 80%)의 격차도 같은 기준에서 나온다.

남는 것

• 시행령 제154조(1세대 1주택의 보유·거주 요건), 제155조(일시적 2주택 등), 제160조(고가주택 안분), 제167조의3 이하(중과 제외 주택)는 개정이 매우 잦다. 조문 번호만 알아 두고 매번 현행을 확인해야 한다.
• 조정대상지역 지정 현황과 중과 한시 배제 조치는 법률이 아니라 정책으로 움직인다.
• 제104조의3 비사업용 토지의 각 호 요건은 그 자체로 방대하다.

다음 장부터는 지방세다. 같은 부동산을 살 때의 취득세와 갖고 있을 때의 재산세·종합부동산세를 본다.

참고 자료

• 국가법령정보센터, 소득세법 제88조·제89조·제95조·제103조·제104조·제104조의2·제104조의3 (시행 2026. 7. 1., 법률 제21221호, 확인일 2026-09-20)